Im Jahr 1704 wurde Johann Franz von Staufenberg zum Bischof gewählt. Er plante den Bau eines Verwaltungs- und Residenzgebäudes neben dem Bischofsmünster in Konstanz (im 16. Jahrhundert hatte sich die Freie Reichsstadt Konstanz dem protestantischen Glauben angeschlossen – die bischöfliche Verwaltung wurde daher seinezeit nach Meersburg verlegt)
Der Rat der Stadt Konstanz lehnte die geplante Rückverlegung der Residenz nach Konstanz und die dortige Errichtung der dafür notwendigen Gebäude ab.
Geplant wurde daher der Bau eines neuen Verwaltungs- und Wirtschaftsgebäudes direkt neben der Alten Burg in Meersburg .
Im Jahr 1712 stand der Rohbau – die Planungen für den Ausbau wurde mehrnfach geändert. Zuerst wurden Räumlichkeiten für die Regierungsbehörden im Erdgeschoss und im ersten Obergeschoss geschaffen und bezogen.
Im Jahr 1740 folgte Fürstbischhof Damian Hugo von Schönborn dem verstorbenen Vorgänger. Der Aus- und Umbau des bisherigen Verwaltungsgebäudes zum Neuen Schloss wurde unter Hinzuziehung des Baumeisters Balthasar Neumann geplant – die Beletage sollte im zweiten Obergeschoss angesiedelt werden, erreichbar über eine Sockelstiege und eine darüberliegende großzügige Saaltreppe.
Anstelle des Pferdestalles entstand die zeitgemäß reich dekorierte Schlosskapelle mit der spielerisch-ornamentalen Rokokoausstattung von Joseph Anton Feuchtmayer. Das Deckrenfresko wurde zuvor vom Augsburger Gottfried Bernhard Goetz geschaffen.
Vollender der Schlossanlage war der ab 1750 regierende Fürstbischof Franz Conrad von Rodt – er wurde 1756 zum Kardinal erhoben und von Kaiserin Maria Theresa finanziell gut ausgestattet. Das Treppenhaus und die Fassaden wurden dann einschließlich des Giebels in der heutigen Form um- und ausgestaltet.
Ein Festsaal wurde über zwei Geschosse angelegt und mit einem Deckenfresko geschmückt . Eine Künstlergruppe beschäftigte sich mit der Ausstattung der Räume des zweiten Obergeschosses – es wurden Allegorien dargestellt sowie Szenen des höfischen Lebens und Landschaftsansichten.
Im Jahr 1762 zog der Fürstbischhof von Rodt schließlich als Erster ein – aus dem Regierungsgebäude wurde so das Neue Schloss. Bis 1802 folgten ihm noch zwei weitere Fürstbischhöfe.
Im Rahmen der Sekularisation fiel Meersburg 1803 dann mit dem gesamten Territorium an die Markgrafschaft Baden, das spätere Großherzogtum Baden.